研究背景

        在全球化的背景下，传染病的跨物种传播已成为公共卫生的重大挑战。小哺乳动物(如啮齿类和鼩鼱)因其广泛的分布、与人类的密切接触以及作为众多病原体的自然宿主，成为研究传染病生态学和流行病学的关键对象。近年来，随着病毒学和微生物学技术的进步，越来越多的研究开始关注这些动物体内潜在的病原体多样性及其对人类健康的威胁。

        2025年12月，Nature Communications杂志发表了一篇题为“Infectome analysis of small mammals in Southern China reveals pathogen ecology and emerging risks”的研究文章，系统地分析了中国南方小哺乳动物携带的病原体种类，还深入探讨了这些病原体的生态分布特征及其潜在的跨物种传播风险。

        研究方法

        本研究是一项大规模的跨学科研究，旨在系统分析中国南方小哺乳动物的病原体感染组，并探讨其生态分布特征和潜在的公共卫生风险。研究团队在广东省的多个地区进行了广泛的样本采集，共收集了来自858只小哺乳动物的2408份组织样本(包括肺、脾和肠道)，覆盖了冬季和全年不同季节的时间跨度。样本采集涉及多个宿主物种，包括常见的啮齿类和鼩鼱。研究采用元转录组测序技术，对每个样本的RNA进行深度测序，以鉴定潜在的病原体。通过去除宿主基因组序列和低质量读段后，研究团队利用生物信息学工具对病原体种类进行分类和定量分析。此外，研究还结合了地理、气候和宿主物种等生态因素，通过统计模型分析这些因素对病原体多样性和分布的影响。

        研究结果

        ▌病原体多样性的全面揭示

        本研究通过元转录组测序技术，对来自中国南方小哺乳动物的2408份组织样本进行了全面分析，鉴定出76种潜在病原体，包括29种RNA病毒、12种DNA病毒、5种细菌和30种真核病原体。其中，33种为新发现的病原体，这一发现显著扩展了我们对小哺乳动物携带病原体多样性的认知。例如，新发现的Guangdong rodent orbivirus与已知的Orbivirus形成独立的姐妹谱系，提示其可能具有独特的进化路径和生物学特性(图1)。这些结果不仅为病原体的分类学研究提供了新的依据，也为后续的流行病学监测和风险评估奠定了基础。

图1 小型哺乳动物中哺乳动物相关病原体的多样性与阳性率。

        ▌组织特异性与传播途径的关联

        研究发现，不同组织(肺、脾和肠道)中病原体的分布存在显著差异。肠道显示出最高的病原体多样性，尤其是RNA病毒、细菌和真核寄生虫。相比之下，脾脏的病原体多样性最低，而肺部则表现出较高的真核病原体负担。这种组织特异性提示了不同的传播途径：肠道中的病原体可能通过粪口途径传播，而肺部的病原体则可能通过呼吸道途径传播。这些发现对于理解病原体的传播机制具有重要意义，也为公共卫生干预措施提供了科学依据。

        ▌跨物种传播的广泛性与风险评估

        本研究揭示了小哺乳动物中病原体跨物种传播的广泛性。65.8%的病原体能够跨越宿主物种，12.7%的病原体能够感染多个哺乳动物目。特别是10种跨目的病原体在多种宿主中广泛分布，且具有较高的阳性率。这些跨物种传播的病原体可能对人类健康构成较高风险，因为它们能够跨越宿主屏障，适应多种宿主环境。例如，广州管圆线虫和科索伊巴尔通体是已知的动物源性病原体，其广泛的宿主范围提示了潜在的跨物种传播风险。这些结果强调了小哺乳动物作为病原体“储存库”的重要性，并提示需要加强对这些动物的监测，以预防潜在的公共卫生事件。

        ▌生态因素对病原体分布的影响

        研究进一步探讨了生态因素对病原体分布的影响。地理区域是影响病原体丰富度的主要因素，解释了11.3%的变异。不同地区的病原体丰富度存在显著差异，例如在茂名地区，大鼠的病原体丰富度较高。此外，宿主物种和季节也对病原体分布有显著影响，分别解释了6.7%和6.4%的变异。例如，挪威鼠在夏季的病原体阳性率较高。这些结果表明，病原体的分布受到多种生态因素的综合影响，而地理区域和宿主物种是其中的关键因素。这些发现为病原体的生态学研究提供了新的视角，并提示在制定公共卫生策略时需要考虑这些生态因素的综合作用。

        ▌病原体生态学的宏观模式

        本研究还揭示了小哺乳动物病原体生态学的宏观模式。例如，研究发现宿主的系统发育关系对病原体组成的影响最为显著，宿主之间的遗传距离与共享病原体数量呈显著负相关。此外，研究还发现病原体的分布存在明显的季节性和地理差异，提示病原体的传播和维持受到宿主生态位和环境条件的共同影响。这些宏观模式的发现为理解病原体的生态学和进化提供了新的框架，并为全球公共卫生监测和疾病预防提供了重要的科学依据。

        总结

        本研究通过大规模元转录组分析，系统揭示了中国南方小哺乳动物携带的丰富病原体多样性及其生态分布特征。研究全面覆盖了RNA病毒、DNA病毒、细菌和真核病原体，鉴定出76种潜在病原体，其中33种为新发现。研究发现，地理区域、宿主物种和季节是影响病原体分布的主要因素，而跨物种传播的广泛性提示了较高的公共卫生风险。相较于以往研究，本研究的独特价值在于其全面性和系统性，为传染病生态学研究提供了新视角，也为公共卫生监测和疾病预防提供了重要依据。未来研究应进一步探索病原体的生物学特性及其与宿主的相互作用，以完善对传染病生态学的理解并提升公共卫生应对能力。

        参考文献

        XIN G, WANG D, ZHANG X,et al. Infectome analysis of small mammals in Southern China reveals pathogen ecology and emerging risks[J]. Nat Commun,2025.DOI:10.1038/s41467-025-66462-9.

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